2014.12.22 MEGA & Phylogenetic tree

MEGA :: Molecular Evolutionary Genetics Analysis

將物種基因或蛋白變異利用此軟體分析物種之間親緣關係,並畫出phylogenetic tree

1.先下載軟體 http://www.megasoftware.net/mega.php

0

2.找物種,我以松科Pinaceae為範例

1

3.在NCBI Nucleotide搜尋 Pinaceae 及 rbcl 基因,任意選擇十個結果,儲存成 FASTA檔

3

4.先將軟體MEGA 打開,再開啟 FASTA檔,各物種基因序列都會匯入分析軟體

分析前有些步驟要注意,如以下

(1)先將基因序列Alignment,排列正確,兩者都可以選,資料龐大時,可以用下面那個

A

(2)將前後多出來的基因序列切齊,以方便軟體快速分析

D

(3)將FASTA檔轉成MEGA可以辨識的格式

N

出現以下,TA視窗,此時才能分析DATA

TA

#在此可以用顏色區別功能,看出大致基因序列的差異,如以下:

顏色

5.分析數據,一定要選Bootstrap method,為可信度的依據,步驟如圖:

Neighbor-Joining Tree 分析

NJT P

Maximum Parsimony Tree 分析

MPT P

#結果要選一個物種Place Root Branch,然後可以對比這兩個結果的差異與真實性

ROOT

6.結果討論

Neighbor-Joining Tree

NJ tree

 

Maximum Parsimony Tree

MP tree

 

兩個結果不太一樣,就顯著差異而言,Neighbor-Joining Tree的結果 可信度較高,而Maximum Parsimony Tree顯著差異太大,不可信。但是Neighbor-Joining Tree的Bootstrap 數值並非都很高,所以物種的親緣性數據支持度並沒有很充足,還需要參考其他數據結果,不能只單看一個基因。

 

 

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2014.12.08

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2014.12.01 NCBI SNP & SNP500Cancer & HapMap

一. NCBI SNP

1.搜尋處選擇SNP,輸入基因名,AKT為例

SNP

可以進一步在右邊設定搜尋條件,例如Organism、Function Class…等

2.點選各個SNP tag 可以查到詳細資料,主要可以看到各個族群的SNP tag基因頻率差異

SNP1

二. SNP500Cancer 

搜尋之前NCBI疾病相關基因

疾病名稱:蕾特氏症; 瑞特氏症候群

致病基因:MeCP2基因

5

結果

51

點選紅色框,有詳細資料,如以下

500r

500r1

三. International HapMap Project

1.點選紅色框中選項

Hap0

 

2.輸入基因名,可以設定種族,範例為漢族

Hap

3.搜尋結果

Hap r

以上各個點都為SNP tag

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2014.11.17,24 NCBI Blast & Biology work-bench & UCSC Genome Browser

一. NCBI Blast 可搜尋未知的基因序列

1.輸入基因序列在上方紅色框中,下方紅色框中可以選取物種,若不知可以選others,也可選取想要在哪個資料庫搜尋

B1

2.搜尋結果

B2

 

B3

二. Biology work-bench 搜尋可以比較不同基因序列的差異以及物種親緣關係

1.首先先註冊,之後登入work-bench,按Nucleic Tools

w1

2.先新增所要分析的基因序列

w2

兩種方法: 上傳檔案 或 將基因序列複製貼上並打上標題新增可以分析的檔案

w3

3.選取CLUSTALW – Multiple Sequence Alignment,勾選以下新增好的基因序列檔案

w4

進行分析…

4.搜尋結果

w r1 w r2

三. UCSC Genome Browser  可以做不同物種的某段基因序列比對

1.先用NCBI找尋基因的Locus碼

u

2.在UCSC Genome Browser輸入基因的Locus碼進行搜尋

U1

u3 在search term輸入

3.搜尋結果

U r

 

 

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2014.10.13 學習 admetSAR 搜尋

學習 admetSAR 搜尋毒物的特性

毒物: acrylamide  (結構圖是參考上次作業搜尋結果)

一.  Find out experiment data in the database

1. 點入網頁Search圖示,點右上角紅色圈圈,用網頁轉換成電腦可以判讀的化學式子

步驟如下:

1

(1)先畫結構圖

(2)點 Get Smiles

(3)得知 SMILES Name :NC(=O)C=C

2

 

 

 

 

2. 將 SMILES Name :NC(=O)C=C 複製 ,貼到搜尋處,點Search

5

 

3. Compound Profile 結果

3

 

二.  Predict ADMET Properties

1. 點入網頁 predict 圖示,輸入 SMILES Name :NC(=O)C=C ,點下方 predict按鍵

6

 

2.  ADMET Predicted Profile 結果

4

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2014.10.6 CTD網頁搜尋毒物相關資訊

CTD illuminates how environmental chemicals affect human health.

利用CTD網頁,搜尋毒物相關資訊

搜尋目標  Acrylamide

1. Write down the names of  interested chemical.

左圖紅色框中,搜尋處點選chemicals ,輸入Acrylamide,按搜尋,

右圖為Acrylamide 結果,顯示結構式及交互作用的基因

ab

2. Use CTD to identify  進一步搜尋相關資料
(1) Diseases

These diseases are associated with Acrylamide.

紅色框中,可依疾病分類搜尋

e

(2) Pathways

These pathways are enriched significantly among genes that interact with Acrylamide.

g

(3) GO terms

These GO terms are enriched significantly among genes that interact with Acrylamide.

h

(4) Comps

These chemicals have comparable sets of interacting genes to Acrylamide.

f

 

 

 

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2014.9.29 NCBI疾病相關基因 & Taxonomy Browser

NCBI疾病相關基因

疾病名稱:蕾特氏症; 瑞特氏症候群
致病基因:MeCP2基因
NCBI參考資料

Taxonomy Browser 使用步驟

1.先去找物種學名-艾草 Artemisia argyi

11

2.將學名打在左邊紅色框框搜尋處,點GO,就會跑出以下畫面

1

 

3.點上圖右邊紅色框框,在搜尋處加上RUBISCO可以搜尋物種Gene Bank

3

4.點入即可看到物種Database,最下面有物種的基因序列

4

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2014.09.22 學校網誌試用

南怡島01

這裡是南怡島~~~ 很漂亮^^

 

 

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Hello world! 哈囉!

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