2014.12.22 MEGA & Phylogenetic tree

MEGA :: Molecular Evolutionary Genetics Analysis

將物種基因或蛋白變異利用此軟體分析物種之間親緣關係,並畫出phylogenetic tree

1.先下載軟體 http://www.megasoftware.net/mega.php

0

2.找物種,我以松科Pinaceae為範例

1

3.在NCBI Nucleotide搜尋 Pinaceae 及 rbcl 基因,任意選擇十個結果,儲存成 FASTA檔

3

4.先將軟體MEGA 打開,再開啟 FASTA檔,各物種基因序列都會匯入分析軟體

分析前有些步驟要注意,如以下

(1)先將基因序列Alignment,排列正確,兩者都可以選,資料龐大時,可以用下面那個

A

(2)將前後多出來的基因序列切齊,以方便軟體快速分析

D

(3)將FASTA檔轉成MEGA可以辨識的格式

N

出現以下,TA視窗,此時才能分析DATA

TA

#在此可以用顏色區別功能,看出大致基因序列的差異,如以下:

顏色

5.分析數據,一定要選Bootstrap method,為可信度的依據,步驟如圖:

Neighbor-Joining Tree 分析

NJT P

Maximum Parsimony Tree 分析

MPT P

#結果要選一個物種Place Root Branch,然後可以對比這兩個結果的差異與真實性

ROOT

6.結果討論

Neighbor-Joining Tree

NJ tree

 

Maximum Parsimony Tree

MP tree

 

兩個結果不太一樣,就顯著差異而言,Neighbor-Joining Tree的結果 可信度較高,而Maximum Parsimony Tree顯著差異太大,不可信。但是Neighbor-Joining Tree的Bootstrap 數值並非都很高,所以物種的親緣性數據支持度並沒有很充足,還需要參考其他數據結果,不能只單看一個基因。

 

 

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