作業八

圖片4

尋找所需要的fasta序列,以curcuma longa為例

圖片5

利用blastn的方式選取不同種的curcuma

圖片6

在存檔的地方選有aligned的選項,載下來的檔案是txt檔,可利用更改副檔名的方式,將它存為fasta檔

圖片7

再利用MEGA進行一次Alignment

圖片8

圖片9

進入後

在phylogeny的地方接選取Bootstrap method

即可得到圖片10

 

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作業七

Q1: Install the melanie view (Viewer_v502.exe):

Analyze the gel on folder \gels\94-0002.mel, 94-0005.mel, and ECOLI.mel

1.Which is the most abundant protein in gel ECOLI.mel in the region range from pH 5.5-6, MW 16k-32k Da, please answer with the protein name, official name, accession number, %vol, measured pI/MW, theoretic pI/MW

 

2.Set ECOLI as reference gel, select as group on three gels, and analyze the expression ratio of above protein in the three gels. (ECOLI : 94-0005 : 94-0002)

Q2: A MS/MS data of spotX from bacteria was obtain in next slide with m/z lists.

–what this protein is (protein name, gene name, accession number)

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作業六

1. dbSNP    gene

dbSNP

(1)在搜尋欄輸入BRCA1
(2)限制條件
(3)縮小至15件

2.SNP500Cancer     gene

圖片1

3.HapMap      CHB    注釋 TAG SNP

圖片2

選取紅色框框處

圖片3

在紅色框框處輸入BRCA1,即可得到圖

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作業五

1.BLASTn

blastn1

blastn2

 

blastn3

blastn4

 

2.Biology workbench-cluster w

workbench1

workbench2

workbench3

workbench4

workbench5

從這張圖可以知道有兩種的核甘酸序列是接近的

 

3.ePCR-ucsc genome browser

genomebrowser1

 

genomebrowser2

 

genomebrowser3

利用這個軟體做不同物種的比對,但由於我的序列是取至植物

與人體比對並無重疊

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作業四

1. Write down a chemical name

Atrazine
2. Find out experiment data in the database

http://lmmd.ecust.edu.cn:8000/search/?cas_rn=&common_name=Atrazine&iupac_name=&smiles=&action=A

擷取

擷取2
3. Predict ADMET of the chemical

http://lmmd.ecust.edu.cn:8000/predict/?smiles=CCNc1nc%28NC%28C%29C%29nc%28n1%29Cl&action=A

擷取3
4. Discuss the potential effects induced by a chemical

此化合物不算致癌物,但是它具有致癌的毒性,而且具有高的Tetrahymena Pyriformis Toxicity,除此之外他也不具有AMES毒性。

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作業三

1) Write down the names of your interested chemical.

Atrazine

http://ctdbase.org/detail.go?type=chem&acc=D001280

未命名 - 5

 

2) Use CTD to identify
–a) Diseases

http://ctdbase.org/detail.go?type=chem&acc=D001280&view=disease

未命名 - ˊ6

–b) Pathways

http://ctdbase.org/detail.go?type=chem&acc=D001280&view=pathway

未命名 - 6

–c) GO terms

http://ctdbase.org/detail.go?type=chem&acc=D001280&view=go

未命名 - 1

–d) Chemicals with comparable sets of interacting genes

http://ctdbase.org/detail.go;jsessionid=DC2E24E07FFEC3BAE361C81FE7ABBBB8?type=chem&acc=D001280&view=similarActor

未命名 - 1

 

 

 

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作業一和二

<作業一>

疾病:breast cancer

基因:brca1/2

http://www.ncbi.nlm.nih.gov.ezproxy.lib.kmu.edu.tw:2048/pubmed/25256238
<作業二>

下方截圖皆可點擊放大覽看
薑黃
學名:Curcuma longa

擷取3

進入NCBI點選taxonomy

擷取2

點選taxonomy browser

擷取

鍵入Curcuma longa

擷取4

選取喜歡的

擷取5

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/KJ803149.1

 

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