u100023021's blog

1.下載軟體

2.到NCBI搜尋選擇物種之基因序列 (選擇樟科（Lauraceae），基因:rbcl)

選10個結果，用FASTA格式輸出

3.至Mega開啟後，進行aliment

進行分析

出現TA的檔案後就可更進一步選擇分析方法

選擇分析方法

選擇bootstrep method

結果

另一種表示方式

另一種分析方法

選擇bootstrep method

選一條線當作root

結果

另一種表示方式

以上~

1.dbSNP in NCBI

輸入要查詢的基因和條件限制後，再點入結果

結果

2.SNP500Cancer

首頁

輸入要搜尋的基因：BRCA2，得到的結果

再點選其中一個dbSNP Info得到的結果

3.HapMap

進入首頁後點選紅框處

輸入要搜尋的基因得到結果(勾選LD plot和tag SNP Picker)

以上~

1.blast

搜尋目標基因序列

到blast首頁，點選紅框處

輸入目標基因序列至框中

搜尋後即可得到結果

2.biology work-bench

將利用blast搜尋到的許多相似序列輸入進行比對

結果

3.UCSC Genome Browser

先到UCSC首頁，點選PCR

在紅框處輸入想要的序列

結果

以上~

1. Write down a chemical name

biotin
2. Find out experiment data in the database

附上連結~
3. Predict ADMET of the chemical

附上連結~
4. Discuss the potential effects induced by a chemical

此種chemical毒性影響的強弱

以上~

1.選擇的chemical：biotin

2.

打biotin搜尋到的結果如圖

選擇chemical之中的biotin，得以下畫面

a) diseases

b) pathways

c) GO terms

d) Chemicals with comparable sets of interacting genes

以上~

(一)

breast cancer，相關基因BRCA3

搜尋方法:

進入pubmed→打上breast cancer→選擇查詢gene→得到下圖

選擇BRCA3→得到需要頁面(連結如下)

BRCA3 breast cancer

(二)Taxonomy

1.至NCBI網頁，選擇taxonomy

2.選擇txxonomy browser

3.輸入要查詢之物種學名

4.選擇右邊表格nucleotide

5.輸入要查詢的基因→得到3個結果

6.選擇第3篇

Oryzias latipes mitochondrial DNA, complete genome

以上~

好像挺好玩的~~

圖片出處:http://qagogo.pixnet.net/blog/post/148473268-%E7%B5%A6%E7%88%B6%E6%AF%8D%E5%B8%AB%E9%95%B7%E7%9A%84%E6%82%84%E6%82%84%E8%A9%B1%EF%BC%9A%E5%A4%A2%E6%83%B3%E8%B5%B7%E9%A3%9B%E7%9A%84%E6%99%82%E5%88%BB