Evolutionary tree view for sequences – Mega(12/22)

1.下載軟體

圖片1

 

圖片2

 

2.到NCBI搜尋選擇物種之基因序列 (選擇樟科(Lauraceae),基因:rbcl)

選10個結果,用FASTA格式輸出

圖片3

 

3.至Mega開啟後,進行aliment

圖片4

 

進行分析

圖片5

 

出現TA的檔案後就可更進一步選擇分析方法

 

圖片6

 

選擇分析方法

圖片7

 

選擇bootstrep method

圖片8

 

結果

圖片9

 

另一種表示方式

 

圖片10

 

另一種分析方法

圖片11

 

選擇bootstrep method

圖片12

 

選一條線當作root

圖片13

 

結果

圖片14

 

另一種表示方式

圖片15

 

以上~

 

 

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SNP、SNP500Cancer、HapMap(12/1)

1.dbSNP in NCBI

輸入要查詢的基因和條件限制後,再點入結果

圖片1

 

結果

 

圖片2

 

圖片3

 

2.SNP500Cancer

首頁

圖片4

 

輸入要搜尋的基因:BRCA2,得到的結果

 

圖片5

 

再點選其中一個dbSNP Info得到的結果

 

圖片6

3.HapMap

進入首頁後點選紅框處

圖片7

 

輸入要搜尋的基因得到結果(勾選LD plot和tag SNP Picker)

 

圖片8

 

圖片9

 

以上~

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blast, biology work-bench, UCSC Genome Browser(11/17,11/24)

1.blast

搜尋目標基因序列

圖片1

 

到blast首頁,點選紅框處

 

圖片2

 

輸入目標基因序列至框中

 

圖片3

 

搜尋後即可得到結果

 

圖片4

 

圖片5

 

2.biology work-bench

將利用blast搜尋到的許多相似序列輸入進行比對

圖片6

 

結果

圖片7

圖片8

圖片9

 

3.UCSC Genome Browser

先到UCSC首頁,點選PCR

圖片10

 

在紅框處輸入想要的序列

 

圖片11

 

結果

 

圖片12

 

以上~

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ADMET資料庫(10/13)

1. Write down a chemical name

biotin
2. Find out experiment data in the database

圖片1

圖片2

圖片3

 

附上連結~
3. Predict ADMET of the chemical

圖片4

圖片5

 

附上連結~
4. Discuss the potential effects induced by a chemical

此種chemical毒性影響的強弱

圖片6

 

以上~

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電腦毒物學(10/6)

1.選擇的chemical:biotin

2.

打biotin搜尋到的結果如圖

 

 

圖片2

 

選擇chemical之中的biotin,得以下畫面

圖片4

a) diseases

圖片5圖片6

 

 

b) pathways

圖片8

c) GO terms

圖片9

d) Chemicals with comparable sets of interacting genes

圖片10

 

以上~

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Pubmed+Taxonomy(103/9/29)

(一)

breast cancer,相關基因BRCA3

搜尋方法:

進入pubmed→打上breast cancer→選擇查詢gene→得到下圖

cancer

 

選擇BRCA3→得到需要頁面(連結如下)

BRCA3 breast cancer

(二)Taxonomy

1.至NCBI網頁,選擇taxonomy

1

 

2.選擇txxonomy browser

2

 

3.輸入要查詢之物種學名

3

 

4.選擇右邊表格nucleotide

擷取

 

5.輸入要查詢的基因→得到3個結果

5

6.選擇第3篇

Oryzias latipes mitochondrial DNA, complete genome

以上~

 

 

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20140922 bioinfo

好像挺好玩的~~

夢想起飛

 

圖片出處:http://qagogo.pixnet.net/blog/post/148473268-%E7%B5%A6%E7%88%B6%E6%AF%8D%E5%B8%AB%E9%95%B7%E7%9A%84%E6%82%84%E6%82%84%E8%A9%B1%EF%BC%9A%E5%A4%A2%E6%83%B3%E8%B5%B7%E9%A3%9B%E7%9A%84%E6%99%82%E5%88%BB

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Hello world! 哈囉!

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