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下載MEGA軟體後，以分析family tree
選擇一種植物-蘭科作為搜尋目標
以RBCL基因做搜尋(植物廣泛表現的基因產生葉綠素)
選擇十個以上的基因序列，以FASTA格式下載
將下載的檔案，以MEGA軟體開啟
將其他前後無法配對的序列刪除
選擇Alignment後，排列結果如下
以不同顏色，觀察基因序列
接著另外進行Neighbor-Joining Tree分析
Neighbor-Joining Tree 結果圖
Maximum Parsimony Tree 分析結果圖
可以挑選其中的一條演化分支，接著選擇Place root on branch
觀察此分支與其他的差異
一. SNP
在NCBI搜尋列選擇SNP，尋找CDKN2A
依照需求增加限制條件
二. SNP500Cancer
進入首頁後，點選SNP500Cancer按鈕
輸入CDKN2A後，進行搜尋
搜尋結果
點入後的結果圖一有詳細資料
結果圖二
三. International HapMap Project
進入首頁後，選擇左列的
HapMap Genome Browser release#24 (Phase 1 & 2-full dataset)
輸入CDKN2A後查詢
一. NCBI Blast
找到目標基因CDKN2A
點進FASTA
複製序列
以BLAST分析
結果圖一
結果圖二
選取三個基因序列
二. Biology work-bench
進入Biology WorBench頁面
註冊登入後，選Nucleic Tools
點選ADD按鈕後，將前面選擇的三個基因加入
選擇加入的三個基因，按CLUSTALW
取消上方的Run in batch
相同頁面下方Run in batch也取消後，按Submit
(因為頁面顯示與其他人不同，所以以不同的過程進行)
結果圖一
結果圖二，可以知道三個基因彼此的接近程度
三. ePCR-ucsc genome browser
到NCBI找CDKN2A的locus編碼
到UCSC後，點選genome browser
輸入先前查詢到的locus編碼
結果圖
以上次作業的Vinclozolin為例作搜尋
先畫好結構，用網頁轉換成電腦可以判讀的化學式子
2. Find out experiment data in the database
搜尋結果
http://lmmd.ecust.edu.cn:8000/search/?cas_rn=&common_name=&iupac_name=&smiles=C%28C%28N1C%28C%3DC%28C2%29Cl%29%3DCC%3D2Cl%29%3DO%29%28OC1%3DO%29%28C%29C%3DC&action=A
對老鼠、魚和蜜峰有毒性
3. Predict ADMET of the chemical
4. Discuss the potential effects induced by a chemical
此藥物能通過血腦障壁、被小腸和口腔吸收，沒有致癌性
利用ctd網頁，找出毒物相關資訊 (截圖點開圖可放大)
搜尋目標Vinclozolin
IUPAC名：(RS)-3-(3,5-dichlorophenyl)-5-methyl- 5-vinyloxazolidine-2,4-dione
1) Write down the names of your interested chemical.
Vinclozolin
2) Use CTD to identify
–a) Diseases
–b) Pathways
–c) GO terms
–d) Chemicals with comparable sets of interacting genes
疾病：Hepatocellular carcinoma
基因：p16INK4A
————————————————————————————-
藥材：柴胡
學名：Bupleurum scorzonerifolium Willd.
至NCBI的Taxonomy查詢相關資料
Nucleotide結果
我試過用剪接工具以及ppt製圖兩種截圖方式
圖片放大都會模糊
請老師如果要看圖”點開即可放大”
PS：補充database連結
http://www.genome.jp/kegg/
http://cgap.nci.nih.gov/Tools
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