12.22 Homework

 

下載MEGA軟體後,以分析family tree

選擇一種植物-蘭科作為搜尋目標

圖片9

以RBCL基因做搜尋(植物廣泛表現的基因產生葉綠素)

選擇十個以上的基因序列,以FASTA格式下載

圖片8

將下載的檔案,以MEGA軟體開啟

圖片23

將其他前後無法配對的序列刪除

圖片21圖片22

 

選擇Alignment後,排列結果如下

 

圖片25

以不同顏色,觀察基因序列

圖片10

接著另外進行Neighbor-Joining Tree分析

圖片12圖片11

 

Neighbor-Joining Tree 結果圖

圖片13

Maximum Parsimony Tree 分析結果圖

圖片20

 

可以挑選其中的一條演化分支,接著選擇Place root on branch

觀察此分支與其他的差異

 

圖片19  圖片14

12.01 Homework

一. SNP

在NCBI搜尋列選擇SNP,尋找CDKN2A

圖片44

依照需求增加限制條件

圖片45

二. SNP500Cancer

進入首頁後,點選SNP500Cancer按鈕

輸入CDKN2A後,進行搜尋

圖片48

搜尋結果

圖片49

點入後的結果圖一有詳細資料

圖片50

結果圖二

圖片51

三. International HapMap Project

進入首頁後,選擇左列的

HapMap Genome Browser release#24 (Phase 1 & 2-full dataset)

圖片53

輸入CDKN2A後查詢

圖片54

11.25 Homework

一. NCBI Blast

找到目標基因CDKN2A

點進FASTA

圖片26

複製序列

圖片27

以BLAST分析

圖片28

結果圖一

圖片29

結果圖二

選取三個基因序列

圖片30

 

二. Biology work-bench

進入Biology WorBench頁面

圖片31

註冊登入後,選Nucleic Tools

圖片32

 

點選ADD按鈕後,將前面選擇的三個基因加入

 

圖片33

選擇加入的三個基因,按CLUSTALW

圖片34

取消上方的Run in batch

相同頁面下方Run in batch也取消後,按Submit

(因為頁面顯示與其他人不同,所以以不同的過程進行)

圖片36 圖片37

結果圖一

圖片38

結果圖二,可以知道三個基因彼此的接近程度

圖片39

三. ePCR-ucsc genome browser

到NCBI找CDKN2A的locus編碼

圖片41

 

到UCSC後,點選genome browser

圖片40

 

輸入先前查詢到的locus編碼

 

 

 

圖片42

結果圖

圖片43

 

10.13 Homework

以上次作業的Vinclozolin為例作搜尋

先畫好結構,用網頁轉換成電腦可以判讀的化學式子

ccccc

2. Find out experiment data in the database

搜尋結果

http://lmmd.ecust.edu.cn:8000/search/?cas_rn=&common_name=&iupac_name=&smiles=C%28C%28N1C%28C%3DC%28C2%29Cl%29%3DCC%3D2Cl%29%3DO%29%28OC1%3DO%29%28C%29C%3DC&action=A

compound

 

對老鼠、魚和蜜峰有毒性

toxic2

 

3. Predict ADMET of the chemical

 

pre1

pre2

4. Discuss the potential effects induced by a chemical

此藥物能通過血腦障壁、被小腸和口腔吸收,沒有致癌性

10.06 Homework

利用ctd網頁,找出毒物相關資訊 (截圖點開圖可放大)

搜尋目標Vinclozolin

IUPAC名:(RS)-3-(3,5-dichlorophenyl)-5-methyl- 5-vinyloxazolidine-2,4-dione

1) Write down the names of your interested chemical.

Vinclozolin

b

2) Use CTD to identify
–a) Diseases

d

–b) Pathways

p

–c) GO terms

go

 

–d) Chemicals with comparable sets of interacting genes

c Continue reading

09.29 Database

疾病:Hepatocellular carcinoma

基因:p16INK4A

 

001

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藥材:柴胡

學名:Bupleurum scorzonerifolium Willd.

至NCBI的Taxonomy查詢相關資料

002

Nucleotide結果

003

我試過用剪接工具以及ppt製圖兩種截圖方式

圖片放大都會模糊

請老師如果要看圖"點開即可放大"

 

PS:補充database連結

http://www.genome.jp/kegg/

http://cgap.nci.nih.gov/Tools