2014.12.22 MEGA & Phylogenetic tree

MEGA :: Molecular Evolutionary Genetics Analysis

將物種基因或蛋白變異利用此軟體分析物種之間親緣關係，並畫出phylogenetic tree

1.先下載軟體 http://www.megasoftware.net/mega.php

2.找物種，我以松科Pinaceae為範例

3.在NCBI Nucleotide搜尋 Pinaceae 及 rbcl 基因，任意選擇十個結果，儲存成 FASTA檔

4.先將軟體MEGA 打開，再開啟 FASTA檔，各物種基因序列都會匯入分析軟體

分析前有些步驟要注意，如以下

(1)先將基因序列Alignment，排列正確，兩者都可以選，資料龐大時，可以用下面那個

(2)將前後多出來的基因序列切齊，以方便軟體快速分析

(3)將FASTA檔轉成MEGA可以辨識的格式

出現以下，TA視窗，此時才能分析DATA

#在此可以用顏色區別功能，看出大致基因序列的差異，如以下:

5.分析數據，一定要選Bootstrap method，為可信度的依據，步驟如圖:

Neighbor-Joining Tree 分析

Maximum Parsimony Tree 分析

#結果要選一個物種Place Root Branch，然後可以對比這兩個結果的差異與真實性

6.結果討論

Neighbor-Joining Tree

 

Maximum Parsimony Tree

 

兩個結果不太一樣，就顯著差異而言，Neighbor-Joining Tree的結果 可信度較高，而Maximum Parsimony Tree顯著差異太大，不可信。但是Neighbor-Joining Tree的Bootstrap 數值並非都很高，所以物種的親緣性數據支持度並沒有很充足，還需要參考其他數據結果，不能只單看一個基因。