2014.12.1 SNP/ SNP500Cancer/ HapMap

一、dbSNP in NCBI

1.開啟NCBI,輸入要查詢的基因和條件限制後搜尋

 

1

 

2.得到結果

2

3

二、SNP500Cancer

1.開啟SNP500Cancer網頁

4

2.輸入基因BRCA1搜尋結果,點開其中一個dbSNP Info結果

5

6

7

三、HapMap

1.進入首頁後點選紅框

8

2.輸入要搜尋的基因(勾選LD plot和tag SNP Picker)

9

10

 

3.結果

12

13

 

 

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2014.11.17&24 Blast/ Biology WorkBench/ UCSC Genome Browser

一. Blast

1.搜尋目標基因序列

圖片1

2.開啟Blast點紅框處

圖片2

3.輸入基因序列

圖片3

4.搜尋之後得到結果

圖片4

圖片5

 

二. Biology WorkBench

1.進入Biology WorkBench網頁

圖片6

2.將利用blast搜尋到的許多相似序列輸入進行比對

圖片7

3.得到結果

圖片8

圖片9

圖片10

三.UCSC Genome Browser

1.進入UCSC網頁,點選PCR

UCSC可迅速地流覽基因組的任何一部分,並且同時可以得到與該部分有關的基因組資訊,如已知基因,預測基因,表達序列,mRNA等

圖片11

 

 

2.輸入要求的序列

圖片12

3.得到結果

圖片13

 

 

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2014.10.13 Homework-ADMET database

以上次作業的Aspirin為例搜尋

畫好結構,用網頁轉換成電腦可以判讀的化學式子

1.

圖片1

2. Search experiment data in the database 搜尋結果

可知chemical的特性和毒性

圖片2

圖片3

 

3. Predict ADMET of the chemical

圖片4

圖片5

4. Discuss the potential effects induced by a chemical

能通過血腦障壁,可被人體小腸吸收,非致癌物

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2014.10.6 Homework-using Comparative Toxicogenomics Database(CTD)

利用ctd網頁,找出毒物相關資訊

1. 搜尋目標Aspirin

圖片1

 

2. Aspirin

圖片2

3. Use CTD to identify
a) Diseases

圖片3

b) Pathways

圖片4

c) GO terms

圖片8

 

d) Chemicals with comparable sets of interacting genes

圖片7

 

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2014/9/29 NCBI Taxonomy & pubmed disease

1.進入NCBI→Taxonomy→Taxonomy Browser

圖片1

 

2.輸入物種學名→ 查詢Panax ginseng 

圖片2

 

3.與此相關的蛋白質基因

圖片3

圖片4

5.可能跟rubisco有關

圖片5

 

6.看fasta基因序列

圖片6 圖片7

 

Pubmed的疾病基因

慢性骨髓性白血病的病生理機轉最重要的就是第9對以及第22對染色體轉位,t(9:22),又稱為費城染色體(Philadelphia Chromosome)。這種染色體轉位會造成原來位在第9對染色體的Abelson (ABL) proto-oncogene接到第22對染色體的breakpoint cluster region (BCR) 基因上,形成BCR-ABL chimeric 基因。正常的ABL 基因在轉錄轉譯後產生的tyrosine kinase會受到嚴密的調控;但發生費城染色體所形成的BCR-ABL fusion基因則失去正常的調控機轉,造成tyrosine kinase過度表現的情形。

chronic myelogenous

 

 

 

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黃韻慈 bioinfo work

KMU

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