MEGA & Phylogenetic tree

1.下載MEGA

圖片1

2.找一個植物的物種 (ex:Arecaceae 棕櫚科)

3.至NCBI,選nucleotide,關鍵字搜尋"Arecaceae rbcl" (rbcl為基因名)

圖片2

4.任意勾選10個結果,並儲存成FASTA檔

圖片3

5.打開MEGA後開啟FASTA檔

1)將序列Alignment

圖片4

2)將FASTA轉檔

圖片5

5.分析:1)Neighbor-Joining Tree

2)Maximum Parsimony Tree

*要選Bootstrap method

1)

圖片6

圖片7

圖片8

2)

圖片9

圖片10

圖片11

3.選一個物種Place Root Branch

圖片12

20141013

1. 找一個化合物,IUPAC名:1,3,5-Triazine-2,4,6-Triamine (三聚氰胺)

2.至database尋找相關資訊

未命名未命名1未命名3

3. 預測化合物的ADMET

未命名3未命名4

4. 此化學物質無致癌性,並可被小腸吸收

2014.09.29 HW2

<1> pubmed

在NCBI搜尋diabetes 發現許多文獻出現AMPK

因此關鍵字改成 diabetes AMPK

圖片2

Evid Based Complement Alternat Med. 2014;2014:106206. doi: 10.1155/2014/106206. Epub 2014 Sep 2.
Antidiabetic Effect of Methanolic Extract from Berberis julianae Schneid. via Activation of AMP-Activated Protein Kinase in Type 2 Diabetic Mice.
Yang J1, Zhao P2, Wan D1, Zhou Q2, Wang C1, Shu G1, Mei Z1, Yang X1.

作者發現Berberis julianae Schneid (BJSME) 這種植物可以磷酸化AMP-activated protein kinase (AMPK)使其活化,AMPK的活化能夠減少脂肪及膽固醇的合成,並且抑制肝臟糖質新生,達到治療第二型糖尿病小鼠的功能

<2>

我找的物種是金針菇,利用wiki找到它的學名Flammulina velutipes

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到NCBI找到Taxonomy並點選  之後再到tool點選Taxonomy Browser

擷取擷取

 

鍵入學名按下GO

擷取

 

網站會提供許多種的DATABASE

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例如點入Gene就會列出與金針菇相關的gene

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