20141201

 

1. dbSNP in NCBI
Target gene: BLC6
Limit: Homo sapiens & missense

all
<未設限制條件時>

 

 

limit
<設定限制條件後,剩餘84個結果>

2. SNP500Cancer
Target gene: BCL6

SNP500

3. HapMap
Target gene: BCL6
chr3:188.9..188.9 Mbp (15.08 kbp)
tag SNP picker: CHB population

hapmap01
<點圖可進入連結頁面>
BCL6位於 chr3:188.9..188.9 Mbp (15.08 kbp)的SNP分佈情形

hapmap02
BCL6位於 chr3:188.9..188.9 Mbp (15.08 kbp)的tag SNP picker及LDplot分析圖

 

 

20141013

1. Write down a chemical name: Bisphenol A (BPA)

2. Find out experiment data in the database: BPA

search-1search-2

3. Predict ADMET of the chemical: results

predict resulthormone receptor

4. Discuss the potential effects induced by a chemical

由前面兩張表格的紅色框處可看出,BPA具有和estrogen receptor alpha及androgen receptor結合的能力,並可做為此兩種賀爾蒙受器的antagonist使其無法接受體內雌性激素/雄性激素的刺激而具有環境賀爾蒙的特色。

在生物吸收的部份,BPA具有良好的腸吸收能力,也有機率穿過血腦屏障(BBB)對腦部造成影響。進入體內的BPA可由CYP450 3A4代謝,並對CYP450 1A2和2C9具有抑制能力,誕生物體內分解BPA速度並不快。

在毒性部分,BPA對於魚類、水生生物及蜜峰均具有毒性,但目前預測中並不具有基因毒性。

整體來說,BPA目前並未被指出有顯著的基因毒性,對鼠、魚及水生生物具有毒性,對人體來說則會影響賀爾蒙系統,被大量使用進入生態系時會影響鼠、魚及水生生物的族群數量,對人體來說則可能因為阻礙賀爾蒙系統而使得發育失衡,尤其是由雌性激素/雄性激素主導的部份。

 

20141006

 

Chemical: Bisphenol A

Bisphenol_A_skeletal(from: wikipedia)

  1. Disease 
    disease-1
    <點圖片可進入頁面>
  2. Pathway
    pathway
    <點圖片可進入頁面>
  3. GO terms
    GO terms
    <點圖片可進入頁面>
  4. Comparable chemicals
    comparable chemicals
    <點圖片可進入頁面>Bisphenol A和Tetrachlorodibenzodioxin都和Drug-Induced Liver Injury有關,但噢者和該疾病的相關性比Bisphenol A高。<點圖片可進入頁面>CC disease

     

 

 

 

20140929

1. PubMed

Prolactin inhibits BCL6 expression in breast cancer through a Stat5a-dependent mechanism.
Cancer Res. 2010 Feb 15;70(4):1711-21. doi: 10.1158/0008-5472.CAN-09-2314. Epub 2010 Feb 2.
Tran TH1, Utama FE, Lin J, Yang N, Sjolund AB, Ryder A, Johnson KJ, Neilson LM, Liu C, Brill KL, Rosenberg AL, Witkiewicz AK, Rui H.

BCL6是一個transcriptional repressor,最早發現他的突變和lymphoma發生有關,近年被發現它會阻止乳腺上皮細胞的分化,而被認為可能和乳癌有關。

2. Taxonomy browser

fish
<照片來源: 鴻順魚坊>  Corydoras weitzmani

search
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?mode=Root
在搜尋欄位(search for)打上要搜尋的物種學名

result
出現了該物種的Lineage
records
頁面右手邊有entrez records欄位,可以看到目前在NCBI上該物種相關資料有哪些。
Nucleotide相關資料有5則,Protein有3則等等,假如我們點入protein的話可以看到:
protein

共有三則條目,分別是Corydoras weitzmani的cytochrome b、NADH dehydrogenase subunit 4、recombination activating protein 1三種protein的相關資料。
若點入cytochrome b:
cyt b
(可點圖片進入頁面)

頁面下拉可看到Corydoras weitzman的cytochrome b的胺基酸序列

cyt aa seq